值得一提的是，张居正之所以能压制六部，是因为与司礼监掌印太监冯保交好，又得到太后的支持。
这使得原本由司礼监代皇帝行使的决策权、内阁的建议权与六部的行政权统归张居正一身，大权独揽，成为了大明历史上的无冕之相。
万历皇帝后来之所以要清算张居正，与张居正担任内阁首辅时的僭越关系密切，毕竟君权是封建社会皇帝的禁脔，无论张居正是为了私心也好还是锐意改革也罢，都触犯了皇帝的“逆鳞”，在封建社会绝对是“大逆”之举。
可以想象出，年幼的万历皇帝在独揽军政大权的张居正面前是何等的小心谨慎，说不定还会因为做错了事情被呵斥，这份如履薄冰的心情非常人所能体验到。
虽然年幼时的万历皇帝对此无可奈何，不过待他亲政尤其是张居正死后情形就不一样了。
所谓人走茶凉，张居正的死意味着一个时代的结束，同时也是他的那些政敌们吹响反攻号角的时机，由此一来张居正的命运也就可想而知了。
故而，内阁和六部的关系并不像民间所传的那样是上下级的统属，而是平级的制衡关系。