达二百九十八年的五胡十六国及以后的南北朝纷争。
晋惠帝继位之后朝廷逐渐混乱，领有军权的诸王纷纷争权，史称为八王之乱。晋朝的元气大伤之后，内迁的诸民族乘机举兵，造成五胡乱华的局面，大量百姓与世族开始南渡。
西晋被匈奴建立的政权所灭亡，北方从此进入五胡十六国时期。晋朝宗室司马睿于建康称帝，东晋建立，据有中国南方的领土。中原的世族及平民陆续南迁，形成中国北方侨民和南方土著聚居的局面。
东晋初期，王导等人采取镇之以静的策略，稳定了局势。皇权衰落，朝廷大权主要是由世族所掌握，由于军权外重内轻，朝廷控制力弱，不少方镇心怀野心，先后发生了王敦之乱、苏峻之乱及桓温专政。虽然部分士族当权者有恢复之心，前后发动几次北伐，但是朝廷担心野心家借此扩张势力，大多消极的支持。
前秦出动举国之师，意图灭亡东晋。面对亡国之祸，东晋君臣一心，凭借淝水决战奠定了胜局。谢玄等将领乘胜追击，成功的收复大批失土，导致前秦的崩解，引发了北方军事和政治格局的变化。
然而东晋后期又发生朋党相争及桓玄作乱，平民负担变得沉重，又发生叛乱。谯纵在蜀地自立，最后刘裕崛起，平定了诸乱，凭借他的军事力量夺得了帝位，从此进入了南北朝时期。