双方战事一触即发。
王敦派遣王含，钱凤等指挥五万大军向建康进攻。王含问如何处置天子，王敦说他还没有举行南郊大典，不能算天子，你只要保护好东海王和王妃就可以了。王敦打算杀害司马绍，立东海王为皇帝，以讨伐奸臣温峤为名举兵。
王含指挥大军到达江宁，晋明帝亲征，并且散布王敦死了的消息，发布诏书招抚王敦部下，讨伐王敦。王导因为与王敦产生矛盾，也劝说王含归顺，不从，所以公开为王敦发丧。
王含大军与晋明帝指挥的部队在建康附近决战，温峤挫其锋锐，司马绍指挥段秀、曹浑、陈嵩等夜袭打败了王含。王敦病死，司马绍亲自迎击钱凤，连战连胜。沉充率军万人来与王含大军会合，筑垒坚守。刘遐，苏峻也帅万人赶到，晋明帝亲往慰劳两人，犒赏三军。叛军连战皆败欲北上想要渡过淮河，被苏峻击溃。
晋明帝是一位宽宏大度的君主，他开始先赦免了叛军士兵，随后又赦免了王敦的旧部将领，使东晋的局势开始向好的方向发展，可是不久晋明帝司马绍就因病去世，年仅二十七岁。