整军的后果，林嵩与瞿质斌都没有做好预期，甚至孙力行都没想到最后的结果。
《福建军区战史》以官方的语言总结这次整军：“在孙力行督军的督促之下，驻闽各部队进行轰轰烈烈的第一次整军，这次整军肃清了石云庆叛徒集团的恶劣影响，引进了大批年富力强忠于虹军的新干部，大大鼓舞了我军的士气，并把驻闽虹军建设成燕王殿下最有战斗力的部队！”
而第三师官方战史《坚如磐石》则大声歌颂了他们在这方面对孙力行的配合：“在实施江南战役的同时。我们协助了老师长、时任福建督军的孙力行将军的福建整军行动，不抱小团体主义，顾全大局，在十分困难的情况下调出排以上干部二百六十名，并从福建军区调入虹军干部二百一十名，并将这些干部安排到适当的位置！”
但是当时的档案有着与官方史料不同的说法，特别是这次整军的当事人更是如此。若干年后军内人事部门曾有总结：“福建整军是我军历史辉煌的一笔，为建设坚诚可靠的我军创造了坚实的条件，但也存在着若干后遗症，如当时将一百四十三名干部鉴定为石云庆死党与红巾军余党，将其全部清除出军队转回原籍工作。另有红巾军干部二百一十名调到江苏方面任职，全部降一级使用，现在这些干部对此表示强烈不满，要求恢复原有待遇。”
而当事人的反应更为强烈，许多主动或被动参加石云庆之变的当事人纷纷上诉：“我们是原福建独立一旅、福建独立第二营等部队的一批老干部老战士，大多是一八五五年、一八五六年参军的老战士，还有相当人员是参加了温州、台州时期虹军初建时期的老战士，在石云庆发动叛变时虽然对石云庆
第四百八十四章 整军(2/5)