、”、“山鹿”等10个大庄园，武士团便由此而生并日趋活跃。
公元12世纪末，到了镰仓时代，日本中央政府任命武士们担任地方首长及庄园主，由此，“阿苏氏族”、“菊池氏族”及“小代氏族”在各地壮大了其权势。
与此同时，镰仓诸侯的亲信“相良氏族”又统治了球磨地区，并将佛教文化在球磨地区进行了普及。
到了南北朝时期，九州受中央权利斗争的影响分成了对立的两大派系。由于菊池氏族的势力逐渐强大，使得阿苏、名和、相良等氏族也不得不努力壮大队伍。
但到了室町末期，在菊池氏族的势力衰退后，丰后（大分县）的“大友”、肥前（佐贺县）的“龙造寺”及萨摩（鹿儿岛）的“岛津”三大氏族蜂拥而起，致使肥后国成了三大氏族争夺的中心。这个烽火争夺被岛津势力所压倒。之后，岛津氏族的势力在丰臣秀吉平定九州后，顺归于丰臣秀吉。
1587年，丰臣秀吉平定了九州政局之后，任命佐佐成政为肥后国国王。
后由于国民的反抗，佐佐丧失了权位。接着，加藤清正在县北、小西行长在县南、相良在球磨稳固了自己的势力范围。
1600年的关原之战中，小西行长战败灭亡，加藤清正承其后统一了肥后并兴建了熊本城。
清正在其领土内，亲自着手于土木、治水工程的建设，诸多业绩一直流传。
1632年，细川氏族继加藤氏族开始统治肥后，就以熊本城为中心建立了“54万石”（“石”是那时的重量单位，“石”的数字越大，就说明此地越富饶。1石等于150公斤）政权、并致力于推
1128 攻击熊本(5/7)