数年后，周国发生变故，权臣尉迟惇设计杀害宗室支柱杞王宇文亮，迫使天子禅让并即位称帝，杞王世子宇文明、西阳王宇文温起兵反抗，周国爆发内乱。
陈军北伐，意图收复河南州郡，却陷入多方混战举步维艰，他孤身一人逃过江，招募流民编练军队四处征战，多次身陷绝境却屡屡逢凶化吉。
征战十余年，终于亲手结束乱世，自西晋永嘉之乱以来，大江南北再度归为一体，中原无缺。
隋朝再立，百废待兴，他励精图治，平定叛乱收拢百姓，历经十年终于天下大治，为避免首鼠两端的关陇门阀把持朝政，下令营建东都，迁都洛阳。
有感于察举制弊病多多，他继承父亲遗志，开创科举制度，以分科考试选拔人才的方法为国选士，让寒门子弟有入仕的途径，仕途不再为世家子弟垄断。
他又下令开凿运河沟通南北水系，这条运河以都城洛阳为中心，分为三大段，南抵江南三吴，北达涿郡，全长将近六千余里。
集结大量人力物力，于数年内修完运河，至此，三吴钱粮可经运河直抵北地涿郡，沿途州郡可受益千年。
他又下令讨伐草原突厥，西征吐谷浑，连年用兵之下将对方打得节节败退，再不敢觊觎中原。
又有辽东高句丽，窃据汉四郡并妄图侵占辽西之地，他点起全国兵马兴师问罪，接连讨伐三次，眼见着即将成功之际，变故骤起。
世家大族，不满科举制度，不满他加强皇权，四处掀起叛乱；百姓因为修筑大运河、征辽东伤亡惨重，民变四起；边将中野心勃勃之辈勾结突厥，引狼入室，中原大地重陷战乱之中。
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