回到京都的后醍醐天皇同时废除了幕府和摄关制度，建立了天皇独裁政权，由天皇自行任免官职，这就是之前历史上的建武新政。建武新政表面上是复古，事实上建立了天皇政权，并且排斥武家，一般只重用公家之人。
然而，足利高氏（这个时候已经被天皇赐名为足利尊氏）的野心却并没有因为镰仓幕府的垮台而熄灭，他想的并不是做天皇下的忠臣，而是想要效仿源赖朝，自己也做架空朝廷的将军。他趁着后醍醐这一番激进改革、失去了武士们和一部分贵族势力的支持的机会，再度举兵，很快就打进了京都。
足利军入京后，后醍醐天皇曾逃往比睿山抵抗，但是足利尊氏建议达成和解，后醍醐天皇将三神器交出，并且幽禁了后醍醐天皇，再度宣布废掉他的天皇之位。
然而后醍醐天皇还是没有放弃，他再度找机会逃出了幽禁他的地方，然后声称交给足利尊氏的三神器是赝品，自己本人逃到了大和国的吉野，然后开设南朝朝廷，将足利尊氏等人指为朝敌，从此开始了日本的南北朝时代。
在新田义贞、怀良亲王等等将领的支持下，后醍醐天皇暂时维持住了朝廷的安稳，并且在几年后死去，死时还遗命继承自己皇位的后村上天皇“讨灭朝敌、夺回京都”。
然而，世事不如他所愿，南朝相比北朝来说，资源和军力都太过于弱小了，经过了六十年当中多次战争攻防后，南朝的势力日渐衰退，再也难以抵抗室町幕府的攻击，最后终于南朝后龟山天皇把自己宣称是真货的三神器交还给了北 天皇，结束了南北朝时代。当时的幕府将军足利义满也成为了源赖朝之后日本最有势力的武家长者。朝廷和公家对
第1558章 天真(6/9)