国立台湾大学哲学系教授殷海光被迫离职、中央研究院王世杰院长為此屡提辞呈、中研院近代史研究所所长郭廷以赴美不归，及《联合报》之备受抨击。
因控诉牵涉美国哈佛大学费正清教授、太平洋学会及福特基金会（以费正清為核心的福特基金会后捲入零八宪章事件，遭中国大陆部分人士指控与共济会阴谋有关），中美关係因此波澜甚多，惟李敖全身而退。
早年李敖是一个旧文化批评者，少谈当代政治、经济与社会议题；他对中国旧文化的批判，基本上是站在现代化、西化的角度，当然这个现代化裡面有不少自由主义成份；故他在《文星》上的影响，主要限於文化领域。后来在《李敖千秋评论》中才出现较多的政治批评。
第一次入狱：当时蒋介石通过中国国民党威权统治，李敖反对其独裁，触犯当道，1966年，李敖发表《歷史与人象》《教育与脸谱》《上下古今谈》《乌鸦又叫了》《孙悟空和我》等书，為当权者所查禁，并未因此坐牢。
但把他1953年与（地下共產党员）严侨老师合谋偷渡大陆一事翻出来，并於1967年以「妨碍公务」提起公诉。后被法庭判刑1年，但由他的大学恩师多方奔走，得到缓刑没能入监执行。
白色恐怖期间，李敖為护人权协助彭明敏逃亡，避免其受迫害，1970年彭外逃后遭谢聪敏和魏廷朝供出，另外，李敖拿到台湾受迫害被关的政治犯名单（内有共產党，台独人士等等），并要把这份名单送到「联合国」与「人权组织」去告发，李敖把名单转给「国际特赦组织」马汀，但在日本却被台独人士拿走，并且不得李敖本人同意，即刊登
第一百一十七章 所有人都一步一步朝向(3/5)