1663年他的著作在罗马和巴黎被列入禁书之列。
1740年，巴黎才解除了禁令，那是為了对当时在法国流行起来的牛顿世界体系提供一个替代的东西。
笛卡儿的宗教信仰在学术圈中一直被严格地争论著。他声称是虔诚的罗马天主教徒，以及「沉思」的目的是為了维护基督教信仰。
但是在他自己的时代，笛卡儿被指控宣扬秘密的自然神论和无神论信仰。与他同时代的布莱兹、帕斯卡说，「我不能原谅笛卡儿；他在其全部的哲学之中都想能撇开上帝。然而他又不能不要上帝来轻轻碰一下，以便使世界运动起来；除此之外，他就再也用不著上帝了。」
史蒂芬、高克罗格的笛卡儿传记中写到，「他作為一个天主教徒有著很深的宗教信仰，并一直保持到他死的那一天，并带著坚定的，热情的探索真理的渴望。」
在笛卡儿死於瑞典后，克里斯蒂娜女王放弃了她的王位转信罗马天主教（瑞典法律要求统治者是新教教徒）。
她一直联繫的仅有的天主教徒就是笛卡儿，他曾是她的个人家庭教师。
笛卡儿被广泛认為是西方现代哲学的奠基人，他第一个创立了一套完整的哲学体系。
哲学上，笛卡儿是一个二元论者以及理性主义者。笛卡儿认為，人类应该可以使用数学的方法——也就是理性——来进行哲学思考。
他相信，理性比感官的感受更可靠。（他举出了一个例子：在我们做梦时，我们以為自己身在一个真实的世界中，然而其实这只是一种幻觉而已，似如庄周梦蝶）。
他从逻辑学、几何学和代
第六十四章 我思故我在(3/7)